معرفی و آموزش نرم افزار Jmol نرم افزار ترسیم سه بعدی ترکیبات شیمیایی

با سلام. دوستان از امروز قصد دارم برخی از نرم افزار های علمی را خدمت شما معرفی کنم و امیدوارم این نرم افزار ها برای شما کارآمد باشند.

نرم افزاری که میخواهم در ابتدا آن را معرفی کنم، نرم افزار رایگان و متن باز Jmol است. این نرم افزار برای ترسیم ساختار های سه بعدی از مولکول ها و ترکیبات شیمیایی به کار می رود و خروجی آن را میتوان به صورت صفحات وب (html)، فایل .mol و حتی فایل تصویری داشت. همچنین در این نرم افزار میتوان ساختار را حرکت و چرخش داد و یا از چرخش آن به صورت فایل .gif خروجی گرفت.

برای رسم یک ساختار، میتوانید از گزینه Open the model kit استفاده کنید که در تصویر زیر مشخص شده است. با انتخاب این گزینه، یک مولکول متان (CH4) ایجاد خواهد شد که میتوانید آن را به دلخواه خود ویرایش کنید. کلیک بر روی یک اتم و کشیدن ماوس بر روی آن موجب رسم یک پیوند کووالانسی می شود.

با راست کلیک در قسمت خالی از صفحه، یک منو ظاهر میشود.گزینه اول این منو خود دارای یک منو است که در قسمت دوم آن میتوانید اتم مورد نظر برای ایجاد کردن را انتخاب کنید (یا بر روی علامت سوال ها کلیک کرده و در پنجره باز شده، نماد شیمیایی عنصر را بنویسید). در بخش بالایی این منو هم میتوانید عملی را انتخاب کنید که با کلیک یا drag کردن ماوس بر روی اتم ها انجام میشود. (حذف اتم، ایجاد پیوند کووالانسی با اتم مورد نظر و ...)

در منوی راست کلیک، گزینه ی دوم هم منوی دیگری را ظاهر میکند که در آن میتوانید تعیین کنید پیوند کووالانسی که هم اکنون رسم میکنید از چه نوعی باشد (یگانه، دوگانه یا سه گانه) و یا یک پیوند را حذف کنید و ...

منوی آخر نیز تنظیماتی از قبیل ایجاد مدل جدید، ذخیره مدل در فرمت .mol به ما ارائبه میدهد. گزینه fix hydrogens and minimize موجب تنظیم زاویه پیوند ها (بر اساس نظریه VESPER) و تعدادهیدروژن های متصل به هر اتم می شود و بهتر است پس از هر ترسیم، یک بار این گزینه را اجرا کنید.

با چرخاندن غلطک ماوس، میتوانید بزرگنمایی ساختار را تنظیم کنید و با کلیک کردن و کشیدن ماوس بر روی صفحه، میتوانید مدل را حرکت دهید.

و در نهایت، گزینه Save current view as an image در نوار ابزار بالا نمای کنونی از ساختار را در قالب فایل .jpg  ذخیره میکند. همچنین اگر گزینه Open the model kit را انتخاب نکرده باشید، در منوی راست کلیک با گزینه مشخص شده در تصویر زیر، میتوانید چرخش ساختار را در قالب یک فایل .gif ذخیره کنید.

شایان ذکر است در منوی راست کلیک فوق نیز گزینه هایی برای خروجی گرفتن یا ذخیره کردن مدل وجود دارند.

توضیح الباقی گزینه ها و منو ها، از جمله منوی راست کلیک بالا، از حوصله این مطلب کوتاه خارج است و بررسی آنها را به شما خواننده عزیز می سپارم.

در این قسمت نیز رسم یک مولکول اتانول (C2H5OH) را به عنوان نمونه قرار میدهم:

در اینجا لینک دانلود نرم افزار Jmol را قرار میدهم:

https://sourceforge.net/projects/jmol/files/latest/download?source=files

پس از استخراج فایل zip پوشه ای را خوهید داشت که در آن برای اجرای نرم افزار، باید فایل Jmol.jar را انتخاب کنید.

توجه کنید که این نرم افزار به زبان جاوا نوشته شده است. لذا برای استفاده از آن باید جاوا را بر روی سیستم خود نصب کرده باشید. لینک دانلود جاوا:

https://soft98.ir/software/692-sun-java-se-runtime-environment.html